На месте Бутовского полигона в конце XIX-го столетия находилось имение Космодемьянское-Дрожжино. Впервые село Дрожжино упоминается в 1568 году. Первым владельцем села был Фёдор Михайлович Дрожжин, представитель земского боярства. В 1889 году хозяином имения Н. М. Соловьевым был основан конный завод, у леса устроен ипподром со зрительскими трибунами. Владелец Бутовского имения И. И. Зимин вскоре после Октябрьской революции, не дожидаясь конфискации, всё отдал государству и уехал с семьёй за границу. Конный завод поставлял лошадей Красной Армии[7].

В 1920-е гг. в Бутове была создана сельскохозяйственная колония ОГПУ. В 1935 г. территория около 2 кв. км. была обнесена глухим забором, был обустроен стрелковый полигон НКВД и территория взята под круглосуточную вооружённую охрану. Неподалёку в районе совхоза «Коммунарка» находился другой спецобъект — бывшая дача Ягоды.

В конце 1936 — начале 1937 года в ходе политических репрессий было вынесено и приведено в исполнение огромное число смертных приговоров. Кладбища Москвы не могли справиться с таким потоком захоронений. Тогда НКВД были выделены два новых спецобъекта — Бутово и Коммунарка. Предположительно, в Коммунарке расстреляно от 10 до 14 тысяч человек, а в Бутове около 21 тысячи. На Коммунарку попадали работники НКВД, представители партийного руководства, военные высоких рангов, возможно, и люди других категорий, в Бутове расстреливались все остальные. «Рекорд» — 28 февраля 1938 года — 562 расстрела.[5][8]

Бутовский полигон находился под охраной войск госбезопасности вплоть до 1995 г. Затем его передали Русской Православной церкви и открыли для посещения по субботам и воскресеньям. На одной из братских могил установили крест памяти св. Новомучеников и Исповедников Российских (именно в Бутове расстреляно и похоронено большое количество священнослужителей РПЦ)